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  View Vocabulary:



Model Protocols
Submitter LNI Account
Version Version 5 (2007/05/31)
Namespace urn:bml/brainml.org:internal/Protocols/5
Comments Modified catalog_interaction schema and controlled vocabulary terms.
View Structure   Vocabulary   (with IDs)

This is a tabular description of the controlled vocabulary values allowed for entries to fields in the data model. Also available in XML format.


Domains of Applicability

resource type
   o  data resource (neuroscience data or findings) (_1_1)
        o  database (data sets) (_1_1.1)
        Indexed research data, focusing on individual characteristics of particular instances.
        o  atlas (spatially-organized data) (_1_1.2)
        A spatially-indexed collection of images and possibly related metadata.
        o  knowledge base (findings/knowledge derived from data) (_1_1.3)
        Searchable reference focusing on findings / knowledge derived from data (scientific sense) -or- focusing on properties of standard types and categories rather than particular instances (computer science sense).
             o  clinical knowledge base (diagnosis/treatment) (_1_1.2.1)
            Knowledge base of clinical data.
   o  bibliographic resource (library/publisher or literature access) (_1_4)
    Library, collection, or access point for scientific literature.
   o  software resource (software for acquisition, analysis, display or modeling) (_1_2)
    A piece of software for handling neuroscience research data. May be an application, tool, plug-in, or other type of package.
        o  data acquisition software (_1_2.1)
        Software related to acquisition.
        o  data processing/analysis/archiving software (_1_2.2)
        Software for analyzing or otherwise processing data, or storing or archiving it, including format conversion.
             o  software for time-series analysis (nonimage) (_1_2.2.2)
            Software for time series data processing.
             o  software for spatial/image analysis (_1_2.2.1)
            Software for image data processing.
             o  software for sequence analysis (_1_2.2.3)
            Software for sequence analysis.
             o  software for pathway analysis (_1_2.2.4)
            Software for pathway analysis.
        o  visualization software (_1_2.3)
        Software for visualizing data.
             o  3D/4D visualization (_1_2.3.1)
            Software for 3D/4D visualization.
        o  modeling/simulation software (_1_2.4)
        Software for modeling or simulating a system's functioning.
   o  research supplies (access to materials) (_1_3)
    Materials or equipment for carrying out neuroscience research, or vendor of.
        o  instrumentation (_1_3.1)
        Instruments or devices.
        o  organism (_1_3.5)
        Organisms for use in research.
        o  cell line/tissue (_1_3.3)
        Cell line or tissue products.
        o  reagent/chemical (_1_3.2)
        Chemical or biological substances.
   o  portal (access to people, places, or sites) (_1_5)
    A resource pointing to or characterizing other sources of information, such as a web portal or a home page.
        o  lab or department (_1_5.3)
        o  organization or institution (_1_5.4)
        o  wide-area portal (links to external neuroscience web sites) (_1_5.5)
resource availability
access
   o  open (_2.1_1)
    Resource may be accessed freely on the web without any kind of sign-in.
   o  open with registration (_2.1_2)
    Resource access requires signing up for an account or entry of a password, or resource is offline and contact information is required. However any person may access the resource.
   o  restricted/private (_2.1_3)
    Resource access is granted only to certain parties or members of a particular organization.
   o  unknown/mixed (_2.1_5)
    Availability is unknown or does not fall under any of the other categories.
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method
   o  HTML web pages (_2.2_1)
    Resource is browsed and accessed through plain HTML web pages and/or downloads.
   o  dynamic web pages (Javascript, Applets, etc) (_2.2_2)
    Resource is browsed and accessed through a web browser-based interface that possesses some of the dynamic / interactive characteristics of an ordinary application.
   o  software client (_2.2_3)
    Resource is browsed and accessed through a software application that runs on a user's local machine, without a web browser.
   o  web service (_2.2_4)
    Resource may be accessed over the internet by software using specific protocols for remote procedure calls.
   o  offline (_2.2_5)
    Resource is offline.
   o  unknown (_2.2_6)
    Access method unknown. (Usually this is set in entries that have been imported from another catalog that does not contain this information. This entry should be edited to change this to the correct value.)
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license
   o  no license (_2.3_1)
    The resource's contents may be used without any restriction or need to acknowledge the source.
   o  acknowledgement required (_2.3_2)
    The resource and/or content contributors should be acknowledged when its contents are used.
   o  open source software (_2.3_4)
    The resource includes open source software.
        o  GPL style (_2.3_4.1)
        The resource is open source and uses a license similar to the GNU Public License that requires all derivative works to be open source.
        o  LGPL, Mozilla style (_2.3_4.2)
        The resource is open source and uses a license similar to the Lesser GNU Public License that requires its own source code to be distributed with any derivative works.
        o  BSD, MIT, Apache style (_2.3_4.3)
        The resource is open source and carries no restrictions on derivative works.
   o  closed source software (_2.3_5)
    The resource includes closed source software.
        o  commercial (_2.3_5.1)
        Commercial software license.
   o  other restriction (_2.3_6)
    Use of the resource's contents is restricted in a way not covered by any of the other categories.
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terminology
   o  none (_2.4_3)
    None.
   o  public/open/shared (_2.4_1)
    Resource employs, for data description, representation, or indexing, a terminology that can be used by other resources.
        o  community standard (_2.4_1.2)
        Resource employs, for data description, representation, or indexing, a terminology that can be used by other resources. However the terminology is closed to modification or expansion by people or organizations besides the originators.
   o  private/local/customized (_2.4_2)
    Resource employs, for data description, representation, or indexing, a terminology that cannot, should not, or was not intended to be used by other resources.
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coverage
   o  definitive / gold standard (_3_1)
    Resource is the definitive source for data of the type it contains.
   o  significant (_3_2)
    Resource has a significant collection of data in its domain.
   o  promising (_3_3)
    Resource's contents are growing.
data type
   o  molecular/genetic (_4_5)
        o  sequence (_4_5.3)
             o  genetic/DNA/RNA (_4_5.3.1)
             o  protein (_4_5.3.2)
        o  structure (_4_5.5)
        o  concentration/flux/activity (_4_5.4)
             o  pH (_4_5.4.1)
        o  expression (_4_5.6)
        o  molecular interaction (_4_5.7)
             o  reaction kinetic/thermodynamics (_4_5.7.1)
   o  neurobiological (_4_12)
        o  ultrastructure (_4_12.1)
        o  structure/architecture (_4_12.2)
             o  connectivity/circuitry (_4_12.2.1)
             o  map (_4_12.2.2)
             o  section (_4_12.2.3)
             o  vasculature (_4_12.2.4)
             o  dynamic metrics (_4_12.2.5)
        o  function (_4_12.3)
             o  electrophysiological activity/signaling (_4_12.3.1)
                  o  action potentials (_4_12.3.1.1)
                  o  synaptic potentials (_4_12.3.1.2)
                  o  field potential (_4_12.3.1.3)
                  o  EEG [electroencephalogram] (_4_12.3.1.4)
             o  functional-imaged activity (_4_12.3.2)
   o  body structure (_4_13)
   o  behavior/performance (_4_1)
        o  cognition/learning/memory (_4_1.1)
        o  mechanical/motor activity (_4_1.2)
             o  position/location (_4_1.2.1)
             o  velocity/acceleration (_4_1.2.2)
             o  force/tension/torque (_4_1.2.3)
             o  pressure (_4_1.2.4)
                  o  ocular (_4_1.2.4.1)
                  o  intracranial/CSF [cerebrospinal fluid] (_4_1.2.4.2)
        o  affect/emotion (_4_1.3)
        o  autonomic/systemic metrics (_4_1.4)
             o  cardiac/cardiovascular (_4_1.4.1)
             o  respiration (_4_1.4.3)
             o  GSR/skin resistance (_4_1.4.4)
             o  temperature (_4_1.4.5)
        o  sensory perception (_4_1.5)
             o  audition (_4_1.5.1)
             o  olfaction (_4_1.5.2)
             o  somatic sensation (_4_1.5.4)
             o  vision (_4_1.5.5)
             o  pain/nociception (_4_1.5.3)
   o  literature (_4_6)
        o  abstract (_4_6.1)
        o  citation (_4_6.2)
        o  commentary (_4_6.3)
        o  full text (_4_6.4)
   o  metadata (_4_8)
        o  ontology (_4_8.1)
        o  terminology (_4_8.2)
   o  model specification (_4_9)
   o  analysis tools (_4_14)
   o  simulation tools (_4_15)
   o  materials (_4_16)
neural structure
structure / location
   o  CNS [central nervous system] (_5.1_1)
        o  brain (_5.1_1.11)
             o  forebrain (_5.1_1.11.1)
                  o  cerebral cortex (_5.1_1.11.1.1)
                       o  frontal lobe/area (_5.1_1.11.1.1.1)
                       o  parietal lobe/area (_5.1_1.11.1.1.2)
                       o  temporal lobe/area (_5.1_1.11.1.1.3)
                       o  occipital lobe/area (_5.1_1.11.1.1.4)
                       o  limbic lobe/area (_5.1_1.11.1.1.5)
                            o  hippocampus/hippocampal formation (_5.1_1.11.1.1.5.1)
                  o  cerebral white matter (_5.1_1.11.1.2)
                  o  basal ganglia (_5.1_1.11.1.3)
                       o  striatum (_5.1_1.11.1.3.1)
                       o  globus pallidus (_5.1_1.11.1.3.2)
                       o  amygdala (_5.1_1.11.1.3.3)
                  o  basal forebrain (_5.1_1.11.1.5)
                  o  diencephalon (_5.1_1.11.1.4)
                       o  thalamus (_5.1_1.11.1.4.1)
                       o  hypothalamus/hypophysis (_5.1_1.11.1.4.2)
             o  midbrain (_5.1_1.11.2)
                  o  tectum (_5.1_1.11.2.1)
                  o  tegmentum (_5.1_1.11.2.2)
                  o  substantia nigra (_5.1_1.11.2.3)
             o  hindbrain (_5.1_1.11.3)
                  o  cerebellum (_5.1_1.11.3.1)
                       o  cerebellar cortex (_5.1_1.11.3.1.1)
                       o  cerebellar nuclei (_5.1_1.11.3.1.2)
                  o  pons (_5.1_1.11.3.2)
                  o  medulla (_5.1_1.11.3.3)
        o  spinal cord (_5.1_1.12)
             o  cervical (_5.1_1.12.1)
             o  thoracic (_5.1_1.12.2)
             o  lumbar (_5.1_1.12.3)
             o  sacral (_5.1_1.12.4)
   o  peripheral nervous system [PNS] (_5.1_4)
        o  autonomic nervous system (_5.1_4.1)
        o  cranial nerves (_5.1_4.2)
        o  peripheral nerves (_5.1_4.3)
        o  retina (_5.1_4.4)
        o  cochlea (_5.1_4.5)
        o  enteric nervous system (_5.1_4.6)
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level_or_component
   o  body (_5.2_1)
   o  brain (_5.2_2)
        o  connectivity/white matter/tract (_5.2_2.1)
        o  region/nucleus (_5.2_2.3)
        o  map/section (_5.2_2.2)
   o  network/circuit/column (_5.2_3)
   o  cell (_5.2_4)
        o  glia (_5.2_4.1)
        o  neuron (_5.2_4.2)
   o  sub/transcellular component/compartment (_5.2_5)
        o  axon (_5.2_5.1)
        o  cytoskeleton (_5.2_5.8)
        o  dendrite (_5.2_5.3)
        o  intracellular traffic (_5.2_5.9)
        o  membrane (_5.2_5.2)
             o  channel/receptor (_5.2_5.2.1)
        o  soma (_5.2_5.5)
             o  nucleus (_5.2_5.5.1)
             o  Golgi/trans-Golgi (_5.2_5.5.2)
        o  synapse (_5.2_5.6)
   o  molecule/gene (_5.2_6)
        o  sequence (_5.2_6.2)
        o  interaction/signaling pathway (_5.2_6.3)
        o  structure (_5.2_6.1)
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organism
   o  human (_6_1)
   o  invertebrate (_6_2)
        o  annelid (_6_2.1)
             o  leech (_6_2.1.1)
        o  arthropod (_6_2.2)
             o  crustacean (_6_2.2.1)
                  o  crab (_6_2.2.1.1)
                  o  lobster (_6_2.2.1.2)
             o  insect (_6_2.2.2)
                  o  cockroach (_6_2.2.2.1)
                  o  cricket (_6_2.2.2.2)
                  o  fly (_6_2.2.2.3)
                       o  Drosophila m. (_6_2.2.2.3.1)
                  o  honeybee [Apis m.] (_6_2.2.2.4)
        o  mollusc (_6_2.3)
             o  gastropod (_6_2.3.1)
                  o  Aplysia c. (_6_2.3.1.1)
             o  squid (_6_2.3.6)
        o  nematode (_6_2.4)
             o  C. elegans (_6_2.4.1)
   o  nonhuman vertebrate (_6_3)
        o  avian (_6_3.1)
             o  chicken (_6_3.1.1)
        o  fish (_6_3.2)
             o  zebrafish (_6_3.2.1)
        o  mammal (_6_3.3)
             o  cat (_6_3.3.1)
             o  primate (nonhuman) (_6_3.3.2)
                  o  baboon (_6_3.3.2.1)
                  o  monkey (_6_3.3.2.2)
                       o  macaque [Macaca sp.] (_6_3.3.2.2.1)
                       o  capuchin [Cebus sp.] (_6_3.3.2.2.2)
                       o  squirrel monkey [Saimiri sp.] (_6_3.3.2.2.3)
                       o  owl monkey [Aotus sp.] (_6_3.3.2.2.4)
                       o  marmoset [Callithrix sp.] (_6_3.3.2.2.5)
             o  rabbit (_6_3.3.3)
             o  rodent (_6_3.3.4)
                  o  mouse (_6_3.3.4.1)
                       o  c57bl/6j (_6_3.3.4.1.1)
                       o  dba/2j (_6_3.3.4.1.2)
                       o  cross (_6_3.3.4.1.3)
                  o  rat (_6_3.3.4.2)
             o  sheep (_6_3.3.5)
technique
   o  chemical (_7_1)
        o  CD (_7_1.1)
        o  micro/calorimetry (_7_1.9)
        o  gel/electrophoresis (_7_1.2)
        o  HPLC/chromatography [high-pressure liquid chromatography] (_7_1.3)
        o  mass spectroscopy (_7_1.4)
        o  microdialysis (_7_1.5)
        o  NMR [nuclear magnetic resonance] (_7_1.6)
        o  radioassay (_7_1.7)
        o  Xray crystallography (_7_1.8)
   o  computed tomography/imaging (_7_2)
        o  CAT [computer axial tomography] (_7_2.1)
        o  MRI [magnetic resonance imaging] (_7_2.2)
             o  structural (_7_2.2.1)
             o  functional (_7_2.2.2)
             o  spectrographic (_7_2.2.3)
        o  PET [positron emission tomography] (_7_2.3)
        o  SPECT [single photon emission computed tomography] (_7_2.4)
   o  electrode-based (_7_3)
        o  extracellular  (_7_3.1)
             o  single electrode (_7_3.1.1)
             o  multiple electrode (_7_3.1.2)
        o  intracellular/whole-cell/clamp (_7_3.2)
             o  voltage-clamp (_7_3.2.1)
             o  patch (_7_3.2.2)
        o  amperometric (_7_3.3)
             o  pH (_7_3.3.1)
             o  ion sensitive (non-H ion) (_7_3.3.2)
        o  macroelectrode (_7_3.4)
             o  cuff/suction (_7_3.4.1)
             o  field/surface (_7_3.4.2)
                  o  EEG [electroencephalography] (_7_3.4.2.1)
   o  electron microscopy [EM] (_7_4)
        o  SEM [scanning electron microscopy] (_7_4.1)
        o  TEM [transmission electron microscopy] (_7_4.2)
        o  STEM [scanning transmission electron microscopy] (_7_4.3)
   o  genomics/proteomics (_7_5)
        o  expression chip/microarray (_7_5.1)
        o  in situ hybridization (_7_5.2)
        o  sequence (_7_5.3)
   o  histology (_7_6)
        o  staining (_7_6.2)
             o  golgi (_7_6.2.1)
             o  immunocytochemistry (_7_6.2.2)
             o  immunohistochemistry (_7_6.2.3)
             o  myelin (_7_6.2.4)
             o  nissl (_7_6.2.6)
        o  radiolabeling (_7_6.4)
   o  light microscopy/optical imaging (_7_7)
        o  bright field (_7_7.1)
        o  dark field (_7_7.2)
        o  intrinsic (_7_7.8)
        o  fluorescence/chemiluminescence/phosphorescence (_7_7.3)
             o  multi-photon (_7_7.3.1)
             o  confocal (_7_7.3.2)
             o  FRET [fluorescence resonance energy transfer] (_7_7.3.3)
        o  Nomarski/DIC [differential interference contrast] (_7_7.4)
        o  phase (_7_7.5)
        o  polarization (_7_7.6)
        o  spectroscopy (_7_7.9)
        o  TIRM [total internal reflection microscopy] (_7_7.7)
   o  MEG [magnetoencephalography] (_7_8)
   o  mechanical sensors (_7_9)
        o  sound pressure level detectors (_7_9.6)
   o  physiological monitors (_7_11)
        o  EKG [electrocardiograph] (_7_11.1)
        o  polygraph/poysomnograph (_7_11.2)
        o  spirometer/respirometer (_7_11.3)
        o  thermal monitors (_7_11.4)
   o  reports/narratives (_7_12)
        o  clinical reports (_7_12.1)
        o  subject reports (_7_12.2)
   o  videography and photography (_7_14)
   o  analytic tools (_7_15)
   o  modeling/simulation tools (_7_16)
   o  signal processing tools (_7_17)
   o  visualization tools (_7_18)
functional context
neurobiological_focus
   o  autonomic nervous system function (_8.1_2)
   o  cognition (_8.1_3)
        o  learning/memory (_8.1_3.1)
   o  emotion (_8.1_4)
   o  motor/action (_8.1_6)
        o  locomotion (_8.1_6.1)
        o  oculomotor function (_8.1_6.2)
   o  sensation (_8.1_1)
        o  audition (_8.1_1.1)
        o  chemical sensation (_8.1_1.2)
             o  olfaction (_8.1_1.2.1)
             o  taste/gustatory sensation (_8.1_1.2.2)
        o  somatosensation (_8.1_1.4)
             o  proprioception (_8.1_1.4.1)
             o  touch/tactile sensation (_8.1_1.4.2)
             o  pain/nociception (_8.1_1.4.3)
             o  visceral sensation (_8.1_1.4.4)
        o  vision (_8.1_1.5)
   o  sleep (_8.1_7)
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stage
   o  embryological stage (prenatal) (_8.2_1)
   o  developmental stage (postnatal) (_8.2_2)
   o  adult (_8.2_3)
   o  aging (_8.2_4)
        o  degenerative (_8.2_4.1)
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disease
   o  degenerative disease/dementia (_8.3_2)
        o  Alzheimer/SDAT [senile dementia of Alzheimer type] (_8.3_2.1)
        o  ataxias (_8.3_2.4)
        o  diffuse Lewy body disease (_8.3_2.9)
        o  dyskinesias/palsies (_8.3_2.3)
        o  Huntingtons disease (_8.3_2.10)
        o  motor degenerative disease (_8.3_2.5)
             o  ALS [amyotrophic lateral sclerosis] (_8.3_2.5.1)
             o  spinal muscular atrophy [SMA] (_8.3_2.5.2)
        o  multiple system atrophy (_8.3_2.11)
        o  Parkinsons disease (_8.3_2.7)
        o  prion disease (_8.3_2.8)
             o  CJD [Creutzfeld-Jacob disease, inc. variant] (_8.3_2.8.1)
        o  progressive supranuclear palsy (_8.3_2.12)
        o  sensorimotor degenerative disease (_8.3_2.6)
   o  demyelinating diseases (_8.3_3)
        o  MS [multiple sclerosis] (_8.3_3.1)
        o  polyneuropathy (_8.3_3.2)
   o  developmental disease (_8.3_4)
   o  disorders of consciousness (_8.3_17)
        o  minimally conscious state (_8.3_17.1)
        o  persistent vegetative state (_8.3_17.2)
        o  coma (_8.3_17.3)
   o  epilepsy (_8.3_5)
        o  partial/focal seizures (_8.3_5.1)
             o  simple partial seizures (_8.3_5.1.1)
             o  complex partial seizures (_8.3_5.1.2)
        o  primary generalized (_8.3_5.2)
             o  tonic/tonic-clonic seizures (_8.3_5.2.1)
             o  absence epilepsy (_8.3_5.2.2)
             o  myoclonic seizures (_8.3_5.2.3)
             o  atonic seizures (_8.3_5.2.4)
        o  status epilepticus (_8.3_5.3)
   o  infectious nervous system disease (_8.3_6)
        o  bacterial infection of the nervous system (_8.3_6.1)
        o  viral infection of the nervous system (_8.3_6.2)
   o  metabolic/nutritional disease (_8.3_7)
   o  myopathy (_8.3_8)
   o  neuromuscular disease (_8.3_9)
        o  myasthenia gravis [MG] (_8.3_9.1)
        o  Lambert-Eaton myasthenic syndrome [LEMS] (_8.3_9.2)
   o  neoplastic disease (_8.3_10)
        o  primary neoplastic disease (_8.3_10.1)
             o  glioma (_8.3_10.1.1)
             o  meningioma (_8.3_10.1.2)
        o  metastatic disease of the nervous system (_8.3_10.2)
        o  paraneoplastic disorder (_8.3_10.3)
   o  psychiatric/mental health disorders (_8.3_11)
        o  anxiety disorder (_8.3_11.4)
        o  autism (_8.3_11.7)
        o  depressive disorder (_8.3_11.2)
        o  bipolar disorder (_8.3_11.3)
        o  drug abuse (_8.3_11.1)
             o  alcohol abuse (_8.3_11.1.1)
             o  cannabinoid abuse (_8.3_11.1.2)
             o  cocaine abuse (_8.3_11.1.3)
             o  nicotine abuse (_8.3_11.1.4)
             o  opiate abuse (_8.3_11.1.5)
        o  psychosis (_8.3_11.5)
        o  schizophrenia (_8.3_11.6)
   o  stroke/cerebrovascular disease (_8.3_1)
        o  hemorrhagic stroke (_8.3_1.2)
        o  ischemic stroke (_8.3_1.1)
   o  trauma (to the nervous system) (_8.3_12)
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Weill Medical College of Cornell University